Thị trấn nằm ở phía bắc vùng hõm chảo rìa cao nguyên Senomoto có độ cao dao động từ 430-945 mét. Phía nam của nó tiếp giáp với thị trấn Oguni, cũng thuộc tỉnh Kumamoto. Trong khi ba mặt còn lại của nó tiếp giáp với tỉnh Ōita. Đi về phía đông là núi Kujū, đỉnh núi cao nhất trên đảo Kyushu đồng thời là thượng nguồn của sông Chikugo, con sông lớn nhất trên đảo. Một số phần tự nhiên thuộc Vườn quốc gia Aso-Kujū. Ba mặt của thị trấn Minamioguni là tỉnh Ōita thuộc các thành phố Hita, thị trấn Kokonoe và Kusu.